Ve 13. století zde stálo městečko s tvrzí. Roku 1366 se Třeboň stává majetkem Rožmberků. Poslední mužský potomek Rožmberků Petr Vok tu také roku 1611 umírá. Petr Vok za svého života nadělal příliš mnoho dluhů a byl nucen panství prodat. Roku 1622 byla Třeboň obléhána císařským vojskem. Potom město i zámek vydrancoval generál Marradas.
V roce 1660 koupili panství známí Schwarzenberkové, kteří tu pobývali až do poloviny 20. století. Dnešní zámek má renesanční podobu. Uvnitř zámku je ukryt slavný třeboňský archív, z něhož čerpali mnozí historikové. Za pozornost stojí rožmberské interiéry a soukromá schwarzenberská apartmá. Na zámek navazuje anglický park.
